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Comment faire un blast?
On copie/colle la séquence recherchée dans le champs en haut de la page, on choisit la base de données (database) à exploiter (ici cocher Genomic + transcript databases et « Human genomic+transcript » avec la collection de nucléotides), puis on sélectionne « Somewhat similar sequences (blastn) » , et on clique enfin …
Quel type de Blast?
Le terme blast peut être modifié en fonction de la nature de la séquence d’entrée, et de la base de données utilisée :
- blastn, de nucléotides, séquence nucléotidique contre une base de données de séquences nucléotidiques ;
- blastp, de protéines, séquence de protéine contre une base de données de séquences de protéines ;
Comment faire un blast sur NCBI?
Aller chercher une séquence de génome complet sur le site du NCBI en utilisant le mot de clé « ecoli » afin de prendre une séquence proche de celles utilisées pour contruire la banque BLAST, puis lancer un BLAST afin de comparer cette séquence avec les séquences de la banque précédemment créée.
C’est quoi un blast?
L’effet de souffle (blast) désigne l’effet d’une explosion sur des organismes ou des bâtiments. C’est la principale menace des armes explosives et, à ce titre, la protection contre les effets de souffle est une des composantes de la sûreté des biens.
Comment faire un alignement multiple?
L’alignement multiple consiste à aligner collectivement un ensemble de séquences homologues, comme des séquences de protéines assurant des fonctions similaires dans différentes espèces vivantes.
Comment calculer le score d’alignement?
La plus utilisée est le score somme des paires (SP) » sum of pairs » : somme sur chaque colonne de tous les scores entre acides aminés pris deux à deux (selon une matrice de substitution). En faisant la moyenne par paires ou la somme sur l’ensemble des colonnes, on obtient un score pour l’alignement.